W opublikowanym przez Instytut Pamięci Narodowej wykazie osób publicznych podano, że w 1989 Roman Kotliński jako kleryk został zarejestrowany jako tajny współpracownik Służby Bezpieczeństwa. Roman Kotliński zaprzeczył tym doniesieniom. W 2012 prokurator IPN zarządził o pozostawieniu sprawy bez dalszego biegu wobec niestwierdzenia wątpliwości co do zgodności oświadczenia lustracyjnego z prawdą.
W 2013, w wyniku przekształcenia Ruchu Palikota, został posłem partii Twój Ruch (Racja Polskiej Lewicy przyłączyła się do tej partii, ulegając samorozwiązaniu). Opuścił jej klub wraz z grupą posłów 26 września 2014. Tydzień później współtworzył koło poselskie Bezpieczeństwo i Gospodarka, z którego w styczniu 2015 wystąpił. W tym samym roku nie ubiegał się o poselską reelekcję.
Kontrowersje wokół Romana Kotlińskiego 15 lutego 2016 roku do redakcji wkroczyło kilkunastu funkcjonariuszy Centralnego Biura Śledczego Policji. Zatrzymali Romana Kotlińskiego i zabezpieczyli dokumentację finansową spółki Błaja News.