Romanowi Kotlińskiemu postawiono zarzuty podżegania do zabójstwa byłej żony, nielegalnego posiadania broni palnej, działania na szkodę spółki i przywłaszczenia pieniędzy należących do spółki oraz wyłudzenia pieniędzy z tytułu ubezpieczenia od kradzieży dwóch samochodów, a w sierpniu 2019 roku został przez Sąd Okręgowy w Łodzi uznany winnym popełnienia wszystkich zarzucanych mu czynów. Łącznie sąd wymierzył mu karę bezwzględną 10 lat pozbawienia wolności. W 2023 r. opuścił zakład karny.
7 lipca 2016 roku w związku z zarzutami prokuratorskimi postawionymi redaktorowi naczelnemu dziennikarze tygodnika m.in. zastępca redaktora naczelnego Adam Cioch, sekretarz redakcji Paulina Arciszewska-Siek oraz reporterzy Oksana Hałatyn-Burda i Ariel Kowalczyk (Ariel Szenborn) odeszli z pracy w redakcji i założyli „Tygodnik Faktycznie”. W pierwszych numerach pisma ogłosili rezultaty rzekomego śledztwa dziennikarskiego w sprawie zarzutów kierowanych wobec redaktora naczelnego. Wydawca zarzucił byłym dziennikarzom pisma nielojalność, uszkodzenie sprzętu i zniesławienie Romana Kotlińskiego, zapowiadając to, że „Fakty i Mity” nadal będą się ukazywały.