Wskutek tego siedmiu ostatnich członków szkoły: Damascjusz i jego sześciu uczniów: Symplicjusz, Pryscjan, Eulaliusz, Hermiasz, Diogenes i Izydor wyemigrowali w 531 roku do Persji, na dwór, sprzyjającego hellenizmowi, króla Chozroesa I. Do decyzji o ucieczce do Persji, decydujący wpływ w przypadku Damascjusza, miał również los pogańskiego filozofa Hieroklesa, skazanego przez chrześcijańskie władze Konstantynopola na tortury i wygnanie za wyznawanie swojej religii. Zszokowany jego losem Damascjusz oskarżył chrześcijan o barbarzyństwo.
Ostatecznie, rozczarowani stosunkami perskimi, po dwóch latach powrócili, za zgodą cesarza, do Bizancjum i osiedli z powrotem w Atenach. Ostatnia informacja o Damascjuszu pochodzi z 538 roku.
Prace Prace Damascjusza częściowo zachowały się w całości, częściowo we fragmentach, o części wiadomo jedynie ze wzmianek w jego pismach lub pismach innych autorów. Niemal w całości zachowały się Trudności i ich rozwiązania (Aporiai kai lyseis, Dubitationes et solutiones), traktat dotyczący pierwszych zasad, znany też pod tytułem O pierwszych zasadach (Ton proton peri archon, De principiis) oraz obszerny komentarz do platońskiego Parmenidesa. W notatkach i zapiskach słuchaczy przetrwały jego uwagi do dwóch innych dialogów Fedona i Fileba.