W 972 roku zbudowano meczet Al-Azhar, przy którym powstał również uniwersytet. Data założenia uniwersytetu Al-Azhar nie jest znana, w opracowaniach pojawiają się lata: 972, 975, 989. Dr Magdalena Pinker z Katedry Arabistyki i Islamistyki Wydziału Orientalistycznego Uniwersytetu Warszawskiego podaje, że meczet od początku pełnił również funkcję uniwersytetu.
Kair podczas rządów Fatymidów, Ajjubidów i Mameluków W 973 roku Kair został stolicą kalifatu fatymidzkiego. Pod rządami Fatymidów (do 1167 roku), Ajjubidów (w latach 1167–1250) i Mameluków (w latach 1250–1517) Kair przeżywał rozkwit, a samo miasto stało się jednym z centrum kulturalnych świata arabskiego. W 1183 roku kurdyjski władca Saladyn wydał polecenie wzniesienia cytadeli u stóp wzgórza Mukattam. Budując cytadelę, Saladyn chciał zapewnić sobie bezpieczeństwo oraz odciąć się od spuścizny poprzedników. Budowę ukończono w 1207 roku. Kair stał się najważniejszym miastem w świecie muzułmańskim po tym, jak imperium mongolskie zniszczyło Bagdad w bitwie z 13 lutego 1258 roku. Przed epidemią dżumy w 1348 roku miasto zamieszkiwało pół miliona osób. Na skutek epidemii liczba mieszkańców zmniejszyła się do około 300 tys.. Według relacji Ibn Battuty w roku 1348 w mieście umierało z powodu dżumy 21 tys.