Od tej pory obydwa kolegia występowały wspólnie w publicznych procesjach, przy czym pierwszeństwo miał rektor i członkowie Trinity HallA History of the County of Cambridge 1959: Z biegiem czasu pierwszeństwo to przeszło na Gonville Hall, jako wcześniej założone.. 7 września 1354 wydał on pierwszy statut kolegium.
Na początku XVI wieku Kolegium należało do najbiedniejszych w Cambridge. Jednocześnie wyróżniało się radykalizmem poglądów religijnych jego członków w początkowym okresie reformacji - jego rektor z lat 1536-40, John Skipp, był kilkakrotnie więziony na skutek oskarżeń o herezje.
W roku 1557 absolwent Gonville Hall, lekarz John Caius przekazał pieniądze na uczelnię i otrzymał od Korony zgodę na zmianę nazwy kolegium na . Dwa lata później został rektorem KolegiumA History of the County of Cambridge 1959: Był to jedyny przypadek w historii Uniwersytetu Cambridge, kiedy założyciel kolegium został jego rektorem.. Zrezygnował on z funkcji w roku 1573 na skutek konfliktu z członkami kolegiumA History of the County of Cambridge 1959: Konflikt miał podłoże religijne - Caius był oskarżany o katolicyzm, podczas gdy członkowie Kolegium byli w większości purytanami. Dodatkowo sprawę pogarszało szorstkie obejście Caiusa..