Nieco wcześniej, 1 stycznia 1573, wydał nowy statut, który wraz ze statusem Batemana regulował działalność kolegium do roku 1860. Jedną z jego cech charakterystycznych był preferowanie wśród przyjmowanych studentów i członków mieszkańców wschodnich hrabstw Anglii.
Dzięki funduszom Caiusa i sprawnemu zarządzaniu przez kolejnego rektora, Thomasa Legge’a (1573–1607), na przełomie XVI i XVII wieku kolegium stało się jednym z zamożniejszych i najliczniejszych w Cambridge. Od tego też okresu datuje się reputacja Gonville and Caius College jako miejsca znanego ze szczególnie wysokiej jakości nauczania medycyny.
Zamknięcie w XVIII wieku dostępu do uniwersytetu dla osób wyznań innych niż anglikańskie spowodowało zubożenie jego życia duchowego i naukowego oraz pogorszenie stanu materialnego. Sytuację Gonville and Caius College utrudniała dodatkowo nadreprezentacja członków i studentów pochodzących ze wschodniej Anglii (ponad ⅞ studentów pochodziło z hrabstw Norfolk i Suffolk), która właśnie traciła swoje znaczenie w królestwie. Główną troską ówczesnych studentów i wykładowców było zdobycie środków utrzymania.