Jedna z relacji mówi, że została zestrzelona przez Niemców i w czasie skoku ze spadochronem znalazła się po stronie sowieckiej, gdzie została wzięta do niewoli jako polski podporucznikSkrwawione ziemie Timothy Snyder, 2011, Świat Książki, s. 171 .. Inna wersja mówiła o zestrzeleniu przez Armię Czerwoną nad ziemiami wschodnimiPor. Zbrodnia katyńska w świetle dokumentów. Londyn: Gryf, 1982, s. 31.. Przypuszczalnie, aby ochronić Janinę przed sowieckimi żołnierzami, oficerowie nakazali jej założyć mundur podporucznika lotnictwa, w którym trafiła do niewoliPor. Zbrodnia katyńska w świetle dokumentów. Londyn: Gryf, 1982, s. 30–31; por. https://www.polishairforce.pl/lewandowska.html.. Należy założyć, że ten fakt w połączeniu z ukończonym kursem juzistek skutkował w przyszłości identyfikowaniem Janiny jako żołnierza.
Początkowo od końca października 1939 była przetrzymywana w obozie w Ostaszkowie. Następnie od 24 grudnia tego roku przebywała w obozie jenieckim w Kozielsku. Tam przebywali jej znajomi z lotnictwa, z którymi utrzymywała kontakt;