Ówczesne miasto było położone około 1,5 km od dzisiejszego. Miało kościół, szpital, ratusz, dwa rynki i mały port. Jednakże w XV wieku mierzeja zaczęła się zmniejszać na skutek erozji. W 1417 roku zbudowano kościół św. Piotra, patrona rybaków. Hel doświadczył okresu wzrostu, ale później ustąpił miejsca szybciej rosnącemu miastu Gdańsk. W 1466 roku król Polski Kazimierz IV przyznał Hel jako lenno Gdańskowi, kończąc stuletnią walkę o dominację nad gospodarką Zatoki Gdańskiej. Przejście pod gdańską jurysdykcję spowodowało upadek Helu. W 1526 roku król Zygmunt I Stary wycofał przywileje przyznane wcześniej Helowi i sprzedał miasto z mierzeją władzom Gdańska. Od tamtej pory los Helu był związany z większym sąsiadem. Należał do półwyspu helskiego terytorium miasta Gdańska, położony był w drugiej połowie XVI wieku w województwie pomorskimMapy województwa pomorskiego w drugiej połowie XVI w.: rozmieszczenie własności ziemskiej, sieć parafialna / Marian Biskup, Andrzej Tomczak. Toruń 1955, s. 129..
Z czasem stare miasto strawił pożar i zostało zalane przez wody morskie.
Nowy Hel Współczesne miasto powstało jako osada zwana wówczas Nowym Helem, do której mieszkańcy pobliskiego Starego Helu emigrowali z powodu kłopotów gospodarczych miasta.