Jeszcze w XV wieku panowała równowaga między obydwoma ośrodkami.
Po 1525 roku mieszkańcy przeszli w całości na luteranizm, gdyż prawo do obsady proboszcza miała rada miejska Gdańska. W 1800 roku na 350 mieszkańców było 16 katolików, resztę stanowili luteranie. W mieście (w szczególności w Jastarni Gdańskiej) język kaszubski utrzymał się co najmniej do końca XVIII wieku ze względu na używanie go w szkole i luterańskich kazaniach.
Hel został przyłączony do Królestwa Prus wraz z Gdańskiem dopiero przy II rozbiorze Polski w 1793 roku.
W czasie wojen napoleońskich, w 1807 roku, Hel został przyłączony do zależnego od Francji Wolnego Miasta Gdańska. Po upadku Napoleona i wskutek postanowień kongresu wiedeńskiego w 1815 roku Hel został ponownie włączony w skład Królestwa Prus (zabór pruski), stanowiącego od 1871 roku część Cesarstwa Niemieckiego. Rozpoczęła się silna niemiecka kolonizacja tych terenów, podobnie jak całego obszaru zaboru pruskiego.
Z tego okresu pochodzi pierwsza murowana latarnia morska z prawdziwego zdarzenia, która została zbudowana w Helu przez władze Prus w 1826 roku. Była ona okrągła i miała 42 m wysokości.