Wcześniej istniała tu niewielka osada rybacka, przynajmniej od XVI wieku, jednak gdańszczanie nie dopuszczali do jej rozwinięcia, obawiając się powstania kolonii przemytników. W XVI wieku na terenie obecnego Nowego Portu odbyła się bitwa pomiędzy wojskami króla Polski Stefana Batorego a miastem Gdańsk, zakończona ugodą. Od tego czasu Nowy Port, leżący faktycznie poza Gdańskiem, był przez Gdańsk lub przez cystersów kontrolowany. thumb|Teren pierwszego, nieistniejącego cmentarza w Nowym Porcie thumb|Zajezdnia tramwajowa przy ul. Władysława IV Przed 1673 został założony cmentarz u zbiegu ulic Władysława IV i Wyzwolenia, na którym chowano żołnierzy z załogi Szańca Zachodniego, a od końca XVIII wieku także mieszkańców, zarówno protestantów jak i katolików. Teren cmentarza był powiększany, po 1855 był przeznaczony już wyłącznie dla ewangelików (katolicy otrzymali odrębny cmentarz). Został zamknięty po 1945 i następnie zlikwidowany, a na jego miejscu powstał ogród jordanowski. Obecnie miejsce to oznaczone jest tablicą pamiątkową.