W 1772, podczas pierwszego rozbioru Polski, teren Nowego Portu w przeciwieństwie do Gdańska znalazł się na terenie Prus i powstała w nim komora celna. Władze pruskie, pragnąc zdobyć Gdańsk, chciały osłabić go ekonomicznie, stąd zbudowały pod koniec XVIII wieku osadę portową i zachęcały kapitanów statków, by towary zostawiali już w Nowym Porcie, a nie w Gdańsku. W 1793 również Gdańsk znalazł się w granicach Prus, co spowodowało zlikwidowanie granicy pomiędzy Nowym Portem a Gdańskiem. Ponieważ nie było sensu utrzymywać dwóch portów w tak niewielkiej odległości od siebie, połączono w 1806 oba kapitanaty, tworząc de facto jeden port.
W 1785 powstała w Nowym Porcie szkoła elementarna.
Coraz większy tonaż budowanych statków oraz niski stan rzek Wisły i Motławy spowodowały konieczność przebudowy portu gdańskiego (na Motławie), jednakże już w 1807 okazało się, że port w Gdańsku będzie zbyt mały. Spowodowało to wzrost znaczenia portu w Nowym Porcie, który mógł przyjmować znacznie większe jednostki. W 1812, podczas wojen napoleońskich, na teren państwa pruskiego wkroczyli Rosjanie, oblegając w styczniu 1813 Nowy Port, broniony przez wojska francuskie.