Izajasz skupił wokół siebie konserwatywną, niechętną unii część duchowieństwa świeckiego i zakonnego oraz prawosławnej szlachty, wzywał do walki z unią aż do jej całkowitego zniszczenia. W dalszym ciągu utrzymywał bliskie kontakty z Rosją, które – w interpretacji różnych autorów – miały prowadzić do podporządkowania prawosławia w Rzeczypospolitej Patriarchatowi Moskiewskiemu lub jedynie do zapewnienia sobie azylu w Rosji w przypadku usunięcia z katedry kijowskiej.
Na mocy decyzji sejmu konwokacyjnego z 1632 i sejmu elekcyjnego z 1633 hierarchia wyświęcona przez Teofana III miała zostać zastąpiona przez nowych biskupów – metropolitę Izajasza zastąpił na katedrze kijowskiej Piotr Mohyła. Izajasz odszedł z urzędu, zamieszkując w przekazanym mu w dożywocie monasterze św. Michała Archanioła o Złotych Kopułach. Pozostał jednak w konflikcie z nowym metropolitą, który w odróżnieniu od niego skłaniał się ku porozumieniu z unitami, jak również opowiadał się za reformami w Kościele prawosławnym i zmodernizowaniem go na wzór zachodni. W 1635 Izajasz na nowo zaczął podburzać prawosławne duchowieństwo przeciwko metropolicie Piotrowi, który w odpowiedzi usunął go z monasteru św. Michała Archanioła, a następnie z klasztorów w dobrach Wiśniowieckich.