W 1638, po wydaniu królewskiego uniwersału wzywającego do prawosławno-unickiego porozumienia, Izajasz ogłosił Piotra Mohyłę apostatą. Zarzucił mu, że pragnąc zostać patriarchą kijowskim, zgodził się uznać zwierzchnictwo papieża i przyczynić się do ostatecznego zniszczenia Kościoła prawosławnego w Rzeczypospolitej. Rozpowszechniane przez Izajasza pogłoski wywołały panikę wśród mnichów monasterów na Naddnieprzu, którzy masowo zbiegli do Rosji; sam Izajasz, wobec braku perspektyw na odzyskanie urzędu metropolity lub chociaż przełożonego klasztorów w dobrach Wiśniowieckich, również pragnął się tam udać. Został jednak zatrzymany przez ludzi Piotra Mohyły i zmuszony do zamieszkania w Ławrze Pieczerskiej, gdzie pozostawał do śmierci.
Autor pouczeń duchowych kontynuujących myśl teologiczną i ascetyczną mnichów Athosu.