Uniwersytety powstawały z połączenia różnych szkół, a przez to działały w budynkach rozproszonych po całym mieście.
W organizacji szkół katedralnych i kolegiackich do XI w. przodowały Niemcy. W późniejszym okresie, na znaczeniu zaczęły przodować szkoły francuskie i włoskie (np. szkoła św. Wiktora w Paryżu, czy szkoły w Melun i Corbeil). Z czasem szkoły niemieckie ulegały coraz większej marginalizacji, i od XIII w. niemieccy studenci jeździli do nowo powstałych uniwersytetów we Francji i Włoch.
Studium generale
300px|thumb|Wykład uniwersytecki (ilustracja z połowy XIV w.) mały|Collegium Maius Uniwersytetu Jagiellońskiego, dziedziniec (2017) Pod koniec XII wieku niektóre szkoły (w Bolonii, Paryżu czy w Salerno) uzyskały międzynarodową rangę. Zaczęły przyciągać i kształcić mistrzów i uczniów z całej Europy, a ich program był bardziej zaawansowany niż w szkołach lokalnych. Zaczęto je określać mianem studium generale, a późniejsze bulle papieskie uznały ich względną autonomię i międzynarodowy status. Dzięki przywilejom (takim jak prawna niezależność od władz miejskich czy prawo nadawania powszechnie uznawanych stopni naukowych) wyraźnie odznaczały się od pozostałych szkół, stając się podstawą średniowiecznego uniwersytetu.