Obok Uniwersytetu Karola jedną z najstarszych uczelni w Europie jest pierwszy w Polsce uniwersytet, Uniwersytet Jagielloński, założony przez Kazimierza III Wielkiego w 1364 w Krakowie.
Istniejące uniwersytety niekiedy zwalczały wysiłki miast dążących do otwarcia nowych uniwersytetów, postrzegając to jako konkurencję. Np. w 1505 Aleksander Jagiellończyk, pod wpływem rajców Krakowa zablokował zaawansowany proces otwierania uniwersytetu we Wrocławiu.
Uniwersytety w walce o autonomię Uniwersytety walczyły o autonomię od lokalnych władz duchowych oraz władzy świeckiej. W Paryżu początkowo biskup mianował swojego urzędnika, nazywanego scholastykiem, a później kanclerzem, w celu zarządzania szkolnictwem. Zajmował się on udzielaniem pozwoleń na nauczanie. W 1213 roku utracił ten przywilej, a zaczęli zajmować się tym profesorowie uniwersytetu. W 1301 roku urzędnik ten traci oficjalną funkcję zwierzchnika szkół. W Oksfordzie także biskup Lincolnu zarządzał uczelnią za pomocą kanclerza. Urząd kanclerza został jednak przejęty przez uniwersytet i był wybierany przez jego członków. W Bolonii w 1219 roku uniwersytet, jako zwierzchnika otrzymał archidiakona, który pełnił funkcję kanclerza.