Tam został wycofany ze służby i przeniesiony do rezerwy, jednakże od 26 września 1947 roku aż do stycznia 1959 roku wykorzystywano go w bazie okrętów podwodnych w New London, po czym 15 stycznia wszedł do Charleston Naval Shipyard w celu przebudowy na okręt-bazę okrętów podwodnych Polaris. W ramach przebudowy przedłożono jego śródokręcie o 44 stopy (13,41 m).
1960–1992 "Proteus" oficjalnie powrócił do czynnej służby 8 lipca 1960 i po rejsie odbiorczym w rejonie bazy w Guantanamo, pomiędzy 20 stycznia a 21 lutego w bazie New London przeprowadził swój pierwszy przegląd okrętu balistycznego (SSBN). Następnie wypłynął do bazy Holy Loch Refit Site 1 w Szkocji, gdzie dotarł 3 marca 1961, zapoczątkowując tym samym działalność tej wysuniętej bazy strategicznych okrętów podwodnych. W ciągu następnych dwóch lat przeprowadził 38 przeglądów okrętów SSBN, za co został odznaczony Navy Unit Commendation. Wrócił do Charleston na przegląd w 1963. 2 stycznia 1964 wznowił operacje w Holy Loch. Wspierał działania i prowadził przeglądy okrętów należących do 14 Eskadry Okrętów Podwodnych (Subron 14).