24 lutego „Proteus” dotarł do bazy Rota, gdzie rozpoczął działanie drugiego punktu zaopatrzenia dla okrętów SSBN, po czym 12 kwietnia powrócił do Holy Loch. 29 czerwca zawinął do Charleston, a 16 października rozpoczął rejs do bazy Guam (Apra Harbor), gdzie dotarł 29 listopada. W tym porcie ustanowił trzeci punkt zaopatrzenia dla amerykańskich okrętów Polaris, gdzie prowadziła działalność przez kolejne siedem lat. Po pięciomiesięcznej przerwie na remont w 1968 roku (zastępowany w tym czasie w obsłudze okrętów podwodnych przez USS „Hunley” (AS-31)), dział na rzecz okrętów tej klasy przez następne 7 lat.thumb|280px|„Patrick Henry” (SSBN-599) w Holy Loch,w trakcie zaopatrywania przez „Proteusa” w pocisk balistyczny Polaris A-1.
W 1971, po krótkim pobycie w Pearl Harbor, „Proteus” udał się do Mare Island na duży planowy remont połączony z gruntowną modernizacją układu napędowego. Wypadek z kotłem zmusił go jednak do pozostania w porcie Fort Island na Hawajach na dwa miesiące, następnie przeprowadził rejs odbiorczy w rejonie Pearl Harbor i po odpoczynku w Sydney "Proteus" wrócił do Apra Harbor na kolejną turę służbową zastępując „Hunleya”.