Taki stan rzeczy trwał do 1801 roku a więc około 244 lat.
Do czasów założenia parafii rzymskokatolickiej w Medyce przez króla Zygmunta III Wazę w 1607 roku do parafii Wyszatyce oprócz Walawy i Dusowiec należała również Medyka i Dziewięczyce. W roku 1624 Turcy oraz Tatarzy napadli na Wyszatyce pustosząc wieś, a także paląc wybudowany przez Jagiełłę kościół wraz z plebanią. Część sprzętów liturgicznych zdołano uratować wywożąc je do Przemyśla, gdzie ukryto je w podziemiach katedry.
W 1636 roku została wzniesiona nowa świątynia z drewna dębowego. Kościół ten został wybudowany przez dziedzica Aleksandra Zbigniewa Korniakta. Poświęcona została tego samego roku w dniu patrona parafii św. Mikołaja, a dokonał tego ks. Fryderyk Alembek – Generalny Wizytator Diecezji Przemyskiej. W roku 1642 sporządzono dokładny opis świątyni wraz z jej wyposażeniem:
Cmentarz w Wyszatycach w latach 1636–1744 oraz w latach późniejszych znajdował się na terenie wokół kościoła. W latach 1735–1767 parafia Wyszatyce należała do dekanatu w Pruchniku.