thumb|Dzieci w czasie wojny domowej W latach 2002−2006 południowo-zachodnia Somalia pozostawała poza władzą rządu centralnego. Tamtejszy dowódca Hassan Muhammad Nur odrzucił władzę rządu w Mogadiszu i samozwańczo przejął władzę w kontrolowanym przez siebie regionie. Na mocy porozumienia region ten wrócił pod władzę rządu somalijskiego. W 2006 roku niepodległość ogłosił Galmudug, leżący na południe od Puntlandu, co spowodowało wojnę graniczną między samozwańczymi republikami. Po układzie pokojowym zawartym między republikami obie wsparły wojska etiopskie interweniujące w Somalii przeciwko Unii Trybunałów Islamskich.
W 2005 roku szejk Hassan Dahir Aweis wraz z grupą mułłów założył Unię Trybunałów Islamskich, ruch analogiczny do afgańskich talibów. Islamiści zyskali poparcie miejscowej ludności, mającej dosyć przemocy i bezprawia. Wiosną 2006 roku somalijscy talibowie zdobyli Mogadiszu, przejęli władzę w stolicy i kontrolę nad połową kraju. Rozbroili prywatne milicje, położyli też kres przestępczości.