Po raz pierwszy w kraju zapanował pokój, choć ceną za niego były drakońskie prawa talibów.
Interwencja etiopska (2006–2009)
Kolejna faza wojny domowej rozpoczęła się 21 grudnia 2006 roku, kiedy to lider Unii Trybunałów Islamskich, fundamentalistycznego islamskiego rządu, sprawującego faktyczną władzę w Somalii, ogłosił, że „Somalia znajduje się w stanie wojny i wszyscy Somalijczycy powinni wziąć udział w walkach przeciwko Etiopii”. Powodem tego stanu rzeczy był fakt, że Etiopia, będąca państwem chrześcijańskim, przez lata prowadziła wojny z islamską Somalią, co doprowadziło do wypowiedzenia tzw. świętej wojny. Spowodowało to napływ ochotników, chętnych do walki po stronie Etiopii (także z USA i Wielkiej Brytanii).
W związku z rozszerzeniem się wpływów islamistów do Somalii wkroczyły wojska etiopskie w obronie somalijskiego rządu. Do wojny włączyło się także lotnictwo USA, które zaczęło bombardować domniemane obozy Al-Ka’idy. Jak się później okazało, USA wysłały do Somalii także specjalne oddziały do poszukiwań terrorystów. Doprowadziło to do wybuchu kolejnej wojny. Natychmiastowego wstrzymania działań ofensywnych zażądały: Kenia, Dżibuti, Francja, Niemcy, Liga Państw Arabskich, Organizacja Konferencji Muzułmańskiej.