Kraj Warty został podzielony na trzy okręgi (rejencje (regencje), niem. Regierungsbezirk): Rejencja Hohensalza (Inowrocław), z miastami wydzielonymi: Inowrocław, Gniezno, Włocławek. Rejencja Kalisch (Kalisz), której stolicę przeniesiono w 1940 roku do miasta Litzmannstadt (Łódź), z miastami wydzielonymi: Łódź, Kalisz. Rejencja Litzmannstadt (od lutego 1941) Rejencja Posen (Poznań), z miastem wydzielonym Poznań.
Polityka germanizacyjna
Niemcy uznawali Kraj Warty za ziemie „rdzennie niemieckie”, chociaż w 1939 roku stanowili na nich mniej niż 10% ogółu ludności"Słownik historii Polski", Wiedza Powszechna, Warszawa 1973, str.523, hasło "Wartheland". Głównym założeniem politycznym wypracowanym dla Kraju Warty była jego rychła germanizacja, któremu to celowi podporządkowano inne wymiary polityki regionalnej. Wprowadzono kartki na żywność – porcje były uzależnione od „przynależności rasowej”. W wielu miejscach, sklepach, restauracjach – nawet na ławkach publicznych – pojawiły się napisy „Nur für Deutsche” (pol. Tylko dla Niemców). Zarezerwowano dla nich większość środków lokomocji. Germanizacja objęła wszystkie pola życia społecznego, kulturalnego i ekonomicznego.