Egzekucje odbywały się w poznańskich fortach oraz w różnych miejscach kaźni poza obrębem miast. Podobne akcje w ramach Operacji Tannenberg Niemcy przeprowadzali także w wielu innych miastach Wielkopolski.
Pozostali aresztowani zostali umieszczeni w obozach koncentracyjnych, gdzie ginęli przy niewolniczej i wyczerpującej pracy. W całym Kraju Warty obowiązkowi pracy poddano również młodzież (teoretycznie powyżej 14. roku życia – często także młodszą), co odpowiadało polityce niemieckiej „eksterminacji przez pracę”. Polityce świadomej eksterminacji podlegały – na różną skalę – w szczególności trzy grupy: Żydzi, Romowie oraz księża katoliccy. Eksterminacja objęła prawie 500 000 mieszkańców Kraju Warty – z czego 80% stanowili Żydzi.
Holocaust w Kraju Warty Poza Żydami wywiezionymi do Generalnego Gubernatorstwa, przyjęto politykę utworzenia jednego wielkiego getta zbiorczego w Łodzi, które zostało utworzone na początku 1940 r. i które było zaludniane kilkoma falami przesiedleń. Większość Żydów była wywożona do specjalnie stworzonego ośrodka zagłady Kulmhof (Chełmno nad Nerem), gdzie zamordowano 150-250 tys. osób. W sumie spośród prawie 400 000 Żydów zamieszkałych na tym terenie przed wojną przeżyło poniżej 8000 osób.