Walka z kościołami katolickim i ewangelickim – niektóre burzono, inne zamieniono na magazyny, np. rzeczy odebranych Żydom. Kościoły zostały systematycznie ograbione, na przykład z 60 ton szat liturgicznych (w tym zabytkowych) uczyniono papier toaletowy. . 1092 księży deportowano do obozów koncentracyjnych.
Wśród duchowieństwa procent ofiar był wielki. W diecezjach włocławskiej i gnieźnieńskiej wymordowano 49% księży, a w łódzkiej – 37%.
Gminy polskie kościoła ewangelickiego zostały wyjęte spod prawa Kraju Warty już w 1939 roku, księża z tych parafii byli także zsyłani do obozów koncentracyjnych. Niemieckie gminy ewangelickie musiały się liczyć z szeregiem poważnych ograniczeń w działalności i były pod obserwacją Gestapo.
Kraj Warty różnił się od innych okręgów Trzeciej Rzeszy intensywnością polityki przeciwko kościołom. W lipcu 1940 na polecenie Greisera stworzono dokument znany pod nazwą „Trzynaście punktów”, ściśle regulujący zasady na jakich kościoły katolicki i ewangelicki mogły działać. Obydwa kościoły miały działać jako stowarzyszenia, Kościołowi katolickiemu zabroniono kontaktów z Watykanem, kościołom ewangelickim kontaktów z kościołami w Rzeszy. Miano także zachowywać ścisły podział na polskie i niemieckie kościoły. Księża mieli pochodzić wyłącznie z Kraju Warty i musieli wykonywać dodatkowo jakiś zawód.