Po wyzwoleniu funkcje szpitala przejął obiekt przy ul. Przedzamcze 10 (oddziały wewnętrzny, chirurgiczny, położniczo-ginekologiczny, od 1 sierpnia 1946 roku dziecięcy, później laryngologiczny, neurologiczny, oftalmiczny). Po opuszczeniu przez Armię Radziecką w marcu 1946 roku oddziały wewnętrzny i chirurgiczny wróciły do szpitala przy ul. Batorego, znajdował się tam również oddział gruźliczy. Oddziały dermatologiczny i zakaźny dla chorych wenerycznie nadal mieściły się w przyłączonym podczas wojny Szpitalu Dobrego Pasterza przy ulicy Wałdowskiej (obecnie ul. Curie-Skłodowskiej). W 1953 roku szpital otrzymał imię Mikołaja Kopernika. Do roku 1955 szpital stanowił jedną jednostkę organizacyjną, jednak ich rozproszenie spowodowało proces reorganizacji placówki, z której wyodrębniono 1 kwietnia 1955 roku najpierw Miejski Szpital Zakaźny, a 1 lutego 1959 roku Szpital Miejski Dziecięcy, mieszczący się przy ulicy Szosa Bydgoska.