W 1963 roku rozpoczęto budowę nowej siedziby Szpitala Miejskiego na Bielanach, który ukończono w 1971 roku. Wówczas „stary szpital” otrzymał nazwę Miejskiego Szpitala Ogólnego nr 1, natomiast „nowy” MSO nr 2 (po utworzeniu województwa toruńskiego w 1975 roku został on szpitalem wojewódzkim, do którego włączono Szpital Zakaźny, Dziecięcy i Psychiatryczny). Miejski Szpital Ogólny nr 1 z kolei przekształcony zostaje w Zespół Opieki Zdrowotnej im. M. Kopernika, wykonujący głównie zadania podstawowej opieki zdrowotnej wraz z niespecjalistyczną opieką szpitalną. Począwszy od lat 50., szczególnie od roku 1962 trwała rozbudowa placówki, która wówczas dysponowała 357 łóżkami. Intensywne prace modernizacyjne prowadzone były od 1996 roku. Ważnym wydarzeniem były uroczyste obchody 100-lecia szpitala organizowane 4 września 2010 roku, kiedy nastąpiło oddanie do użytku nowego skrzydła szpitala mieszczącego m.in. cztery nowoczesne bloki operacyjne oraz oddział hematologii.
Najstarsze budynki szpitala wpisane są do gminnej ewidencji zabytków (nr 1552).