5 września 1939 Bischoff wraz ze swym komando wkroczył do Bydgoszczy. Ze względu na krwawe stłumienie przez wojsko polskie niemieckiej akcji dywersyjnej w mieście (co goebbelsowska propaganda przedstawiła jako pogrom niemieckiej ludności cywilnej – tzw. „bydgoską krwawą niedzielę”) oraz opór stawiany wkraczającym oddziałom Wehrmachtu przez miejscową Straż Obywatelską Bydgoszcz została poddana szczególnie ostrym represjom. W swej relacji z działań w Polsce Bischoff zapisał później, że: „los wybrał właśnie moje Einsatzkommando […], żeby jako pierwsze weszło do tego nieszczęsnego miasta, żeby zobaczyło te niezliczone ofiary i mogło dokonać pierwszego odwetu”.
Od samego początku Bischoff był zwolennikiem stosowania jak najostrzejszych represji wobec polskiej ludności Bydgoszczy - z publicznym rozstrzeliwaniem zakładników włącznie. Jego podwładni wymordowali wszystkich wziętych do niewoli członków Straży Obywatelskiej, spośród których część została zakatowana na śmierć metalowymi prętami.