Z kolei gdy 10 września Einsatzkommando 1/IV przystąpiło wraz z Wehrmachtem do wielkiej „akcji oczyszczającej” w robotniczej dzielnicy Szwederowo, Bischoff rozkazał swoim SS-manom zastrzelić wszystkie osoby, które „w jakikolwiek sposób wydadzą się podejrzane”, oświadczając jednocześnie, iż „w tej akcji każdy może się sprawdzić jako prawdziwy mężczyzna”. Ostro ganił później tych dowódców pododdziałów, którzy nie mogli wykazać się egzekucjami. Einsatzkommando 1/IV stacjonowało w Bydgoszczy do 11 września. W tym czasie zamordowano w mieście od 500 do 800 Polaków.

Bischoff dopuścił się wielu zbrodni także w następnych tygodniach kampanii wrześniowej. W Nakle osobiście zastrzelił na ulicy podejrzewanego o kradzież cywila, ponieważ uznał, że: „Nie było czasu na długie rozprawy z takimi przestępcami”. W Pułtusku kazał wypędzić do strefy sowieckiej wszystkich Żydów.