Dalsze losy W sierpniu 1940 Bischoff został mianowany szefem Gestapo w Poznaniu, ale już miesiąc później przeniesiono go na stanowisko kierownika Stapo-Leitstelle w Magdeburgu, gdzie spędził następnych kilka lat. W lutym 1945 został mianowany komendantem policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa do zadań specjalnych (KdS z. b. V.) w kompleksie obozowym Mittelbau-Dora w górach Harzu. Odpowiadał tam przede wszystkim za zabezpieczenie kontrwywiadowcze podziemnych fabryk, w których produkowano rakiety V-2. Był odpowiedzialny za liczne egzekucje więźniów obozu.

Po wojnie Bischoff próbował się ukrywać, lecz w 1946 został aresztowany w Magdeburgu i wywieziony do ZSRR. W 1955 wrócił z niewoli i zamieszkał w Niemczech Zachodnich. W 1966 postawiono go w stan oskarżenia w związku ze zbrodniami popełnionymi w obozie Mittelbau-Dora, jednak sąd uznał, że ze względu na stan zdrowia nie jest w stanie brać udziału w procesie. Z kolei w 1971 postanowieniem 8. Senatu Karnego Sądu Krajowego w Berlinie „z braku dowodów winy” umorzono toczące się przeciw niemuJednocześnie umorzono postępowanie przeciw Lotharowi Beutelowi i dr Walterowi Hammerowi (dowódcy drugiego komanda wchodzącego w skład EG IV).