Zamawiający mógł wybrać model, w którym awionika była w pełni tożsama z systemami zastosowanymi w większym Fokkerze 100. Było to o tyle istotne dla użytkowników posiadających wersję 100 lub starsze model, iż znacznie redukowała koszty przeszkolenia na nową wersję. Uboższa wersja wyposażenia, dedykowana była realizacji krótkich połączeń regionalnych. Wprowadzono cyfrowy system sprzężony z hydraulicznym wolantem, ostrzegający pilota o możliwym przeciągnięciu. Na tym samym polu działał układ, automatycznie zwiększający ciąg silników, jeśli prędkość samolotu spadała do wartości 5 węzłów ponad prędkość przeciągnięcia. Informacje o potencjalnych błędach załogi, dostarczał ujednolicony, centralny układ. Zmodernizowano system kontroli położenia stery wysokości. Hydrauliczny napęd powierzchni sterowych mógł być zastąpiony przez alternatywny, elektryczny napęd klap i steru wysokości.