Na początku lat 60. rząd Malajów rozpoczął proces zjednoczeniowy z pozostałymi krajami regionu. Został on zahamowany antymalezyjską rebelią w Brunei, w wyniku której rząd brunejski wycofał się ze zjednoczeniowych pomysłów. Reakcją na rebelię z Brunei było powstanie w Sarawaku, które jednak nie odniosło większych rezultatów. 16 września 1963 r. przyłączono północne Borneo i zmieniono nazwę kraju na Malezję (początkowo w języku polskim również jako Malajzja). Oba powstania wsparła Indonezja, rządzona przez Sukarno, co doprowadziło do konfrontacji indonezyjsko-malezyjskiej. Do jej zakończenia doszło po 1965 roku. Władzę w Indonezji objął wtedy Suharto, który wsparł Malezję w walce z partyzantami w SarawakuCheah Boon Kheng (2009). „The Communist Insurgency in Malaysia, 1948–90: Contesting the Nation-State and Social Change” (PDF). New Zealand Journal of Asian Studies (University of Auckland) 11 (1): 132–52..