W 1965 r. od Malezji odłączył się Singapur, który stał się suwerennym państwemUnited Nations Treaty Series No.10760, Agreement relating to Malaysia.. W latach 60. Armia Wyzwolenia Narodowego Malajów przeszła reorganizację i zyskała wsparcie ze strony Chin, co w 1968 roku spowodowało wybuch drugiego powstania malajskiego, którego celem było tym razem utworzenie w Malezji państwa socjalistycznego. Rząd Malezji w walce z partyzantami wsparły Wielka Brytania, Nowa Zelandia i Tajlandia. W 1974 roku Chiny wstrzymały swoją pomoc dla powstańców, którzy pozbawieni źródła wsparcia zaczęli ponosić pierwsze poważne porażkiNational Intelligence Estimate 54–1–76: The Outlook for Malaysia (Report). Central Intelligence Agency. 1 kwietnia 1976.. Gdy blok wschodni w Europie upadł, malajscy komuniści zaakceptowali to, że nie mają żadnych szans utworzenia rządu komunistycznego. Zresztą w związku z szybkim rozwojem kraju ideologia ta przestała być atrakcyjna. W rezultacie w 1989 roku partyzanci podpisali z rządem porozumienie pokojowe wypracowane przy pomocy sąsiedniej Tajlandii. Rok później porozumienie o zakończeniu wojny podpisali z rządem separatyści z SarawakuNational Intelligence Estimate 54–1–76: The Outlook for Malaysia (Report). Central Intelligence Agency..