Prehistoria Skamieniałe szczątki Homo erectus, znanego jako człowiek jawajski, sugerują, że archipelag indonezyjski był zaludniony 2 miliony lat temu. Na wyspie Flores znaleziono wymarły gatunek hominidów: człowieka z Flores (Homo floresiensis). W czasie zlodowacenia poziom morza był niższy niż obecnie, a zachodnia część archipelagu indonezyjskiego, będąca częścią szelfu kontynentalnego zwanego Sundą, była wówczas połączona z kontynentalną Azją. Indonezja była miejscem migracji, które od 70 do 40 tys. lat wcześniej szły z Azji do Australii. Później nastąpiły dalsze migracje z Australii na teren dzisiejszej Nowej Gwinei, ponieważ obie tworzyły szelf kontynentalny zwany Sahul.
Człowiek (Homo sapiens) dotarł do regionu około 43 tys. lat p.n.e. Ludy austronezyjskie, które stanowią większość współczesnej populacji, migrowały do Azji Południowo-Wschodniej z dzisiejszego Tajwanu około 2000 lat p.n.e. Około 1500 p.n.e. rozpoczęły się inne migracje austronezyjskie w kierunku obszaru obecnej Indonezji i Pacyfiku.