Pierwsze królestwa mały|lewo|Świątynia Prambanan na tle wulkanu Merapi Strategiczne położenie archipelagu nad morzem sprzyjało rozwojowi handlu między wyspami archipelagu, jak również Indyjskimi królestwami i chińskimi dynastiami. W I wieku n.e. zachodnia Indonezja była częścią sieci państw portowych, które prowadziły handel między sobą oraz z Indiami i Chinami. Centrum tej sieci państw było królestwo Funan, położone na południe od obecnego Wietnamu. Upadek Funanu przeniósł centrum tej sieci na południową Sumatrę. W VII wieku królestwo morskie Śriwidźaja doświadczyło znacznego wzrostu dzięki kontroli handlu morskiego w Cieśninie Malakka. Handel od tego czasu zasadniczo ukształtował historię Indonezji.
W środkowej Jawie idealne warunki dla rolnictwa i opanowanie techniki pól ryżowych od VII wieku pozwoliły na rozwój dobrze prosperującej uprawy ryżu. Między VII a X wiekiem władcom środkowej Jawy, z których najbardziej znanymi są hinduskie dynastie Sailendra i buddyjska Sanjaya, udało się zbudować wielkie zabytki religijne, takie jak buddyjska świątynia Borobudur i hinduski kompleks religijny Prambanan. Okres ten jest często określany jako „złoty wiek” w historii Indonezji.