Na mocy traktatu londyńskiego między Brytyjczykami a Holendrami kontrola nad terytoriami na południe od Singapuru wróciła do Holendrów. Świat malajski został podzielony na dwie części.
Przez większość okresu kolonialnego holenderska kontrola nad archipelagiem była słaba. Siły holenderskie nieustannie angażowały się w tłumienie buntów zarówno na Jawie, jak i poza nią. Wpływ lokalnych przywódców, takich jak książę Diponegoro w środkowej Jawie, Tuanku Imam Bonjol na środkowej Sumatrze, Pattimura na Molukach i krwawa 30-letnia wojna w Acehu, osłabiły Holendrów i związały kolonialne siły zbrojne. Dopiero na początku XX w. po podboju Bali i Acehu dominacja holenderska rozciągnęła się na to, co miało stać się obecnymi granicami Indonezji.
W przeciwieństwie do innych mocarstw kolonialnych, Holendrzy pozostawili w swojej kolonii niewielkie dziedzictwo językowe.
Indonezyjskie Przebudzenie Narodowe
W pierwszej połowie XX wieku rozwinęły się nowe organizacje społeczne.