W przeciwieństwie do Portugalczyków udało jej się kontrolować handel przyprawami na archipelagu. VOC wykorzystało podział małych królestw jawajskich, aby na stałe utrzymać kontrolę nad tym, co stało się jednym z najbogatszych dóbr kolonialnych na świecie.
W drugiej połowie XVII wieku, po śmierci sułtana Agunga, Mataram został osłabiony przez wojny o sukcesję i musiał stopniowo scedować terytoria na rzecz Holendrów. Pokonując sułtanat Gowy w 1664 roku, Holendrzy opanowali wschód archipelagu. Pod koniec XVIII wieku VOC kontrolowało również całe północne wybrzeże Jawy. mały|Podporządkowanie księcia Diponegoro generałowi De Kock VOC została rozwiązana w 1800 roku po bankructwie, a Holandia ustanowiła Holenderskie Indie Wschodnie jako podporządkowaną rządowi Holandii kolonię. W latach 1808–1811 Herman Willem Daendels został nominowany przez Ludwika Bonaparte, króla Holandii, generalnym gubernatorem Holenderskich Indii Wschodnich i następnie zreformował administrację kolonialną. W 1811 r. Brytyjczycy prawie pokojowo zajęli Holenderskie Indie Wschodnie, ponieważ tamtejsi żołnierze odmówili francuskiej dominacji w królestwie Holandii i Europie przez Napoleona Bonapartego. Brytyjczyk Thomas Stamford Raffles został wicegubernatorem Jawy w latach 1811–1814. W 1824 r.