W 1880 Hruszewski rozpoczął naukę w gimnazjum w Tyflisie. W roku 1886 wstąpił na wydział historyczno-filozoficzny Uniwersytetu Kijowskiego. Był aktywnym działaczem kijowskiego oddziału towarzystwa Hromada.
W 1894 otrzymał stopień magistra i wyjechał do Lwowa, gdzie za rekomendacją Wołodymyra Antonowycza objął na Uniwersytecie Lwowskim katedrę „historii powszechnej, ze szczególnym uwzględnieniem historii Europy Wschodniej”. W praktyce była to pierwsza na świecie katedra historii Ukrainy, w dodatku wykładanej w języku ukraińskim. W latach 1898–1913 kierował lwowskim Towarzystwem Naukowym im. Szewczenki, przy którym stworzył bibliotekę i muzeum. Owocem naukowej pracy Hruszewskiego na uniwersytecie było powstanie tzw. lwowskiej szkoły historyków Ukrainy (Iwan Krypjakewycz, Iwan Dżydżora, Omeljan Terleckyj, Stepan Tomasziwski, Myron Korduba), oraz rozpoczęcie publikacji monumentalnego, dziesięciotomowego dzieła Historia Ukrainy-Rusi (Історія України-Руси, 1898–1937).