Gdy następca tronu podjął decyzję o własnym samobójstwie, Maria była gotowa towarzyszyć mu w tym posunięciu.
Według oficjalnych komunikatów, śmierć Rudolfa była skutkiem zamachu samobójczego. Obecność i śmierć Vetsery w Mayerling całkowicie przemilczano. Arcyksiążę został oficjalnie uznany za „psychicznie niestabilnego”, by jako samobójca mógł być pochowany z wszelkimi honorami, także religijnymi. Pogrzeb odbył się w Wiedniu, a ciało Rudolfa złożono w cesarskiej krypcie kościoła Kapucynów. Zwłoki Marii zostały potajemnie wywiezione z Mayerling i złożone na cmentarzu w Heiligenkreuz.
Powszechnie znana była fascynacja Rudolfa śmiercią i jego zmęczenie dręczącymi go dolegliwościami. Na biurku zwykł trzymać ludzką czaszkę i rewolwer. Później z rozkazu cesarza Mayerling został zaadaptowany na klasztor karmelitanek.
Skutki Śmierć jedynego syna sprawiła, że małżeństwo Franciszka Józefa i Elżbiety zupełnie się rozpadło. Cesarzowa pogrążyła się w melancholii i wyrzutach sumienia, które nie opuściły jej aż do śmierci. Nowym następcą tronu austro-węgierskiego został arcyksiążę Karol Ludwik, brat cesarza, a po jego śmierci Franciszek Ferdynand.