do roku 1626 zamek malborski był też siedzibą podskarbich ziem pruskich, który to urząd wykształcił się z urzędu skarbnika malborskiego. W okresie polskim Malbork był miejscem zjazdów najpierw stanów pruskich, a od 1526 r. (naprzemiennie z Grudziądzem) sejmiku generalnego Prus Królewskich. Obrady odbywały się zazwyczaj w ratuszu miejskim i w kościele parafialnym św. Jana Chrzciciela. Pod względem przynależności kościelnej Malbork należał do diecezji pomezańskiej, która w XVI w. wskutek reformacji oraz rozpadu Prus na Królewskie (Polskie) i Książęce również uległa podziałowi na część katolicką i protestancką. Część katolicką podporządkowano jeszcze w XVI w. administracji biskupów chełmińskich, których od 1601 r. reprezentowali rezydujący w Malborku oficjałowie pomezańscy. W XVI wieku na skutek postępów reformacji większość mieszczan malborskich oraz mieszkańców Żuław Malborskich przeszła na luteranizm. Luteranie malborscy i żuławscy otrzymali na sejmie lubelskim w 1569 r. przywilej wolnego wyznawania luteranizmu. Mimo to za panowania Zygmunta III Wazy w okresie potrydenckiej kontrreformacji sprowadzono do Malborka jezuitów (1618-1780), których zadaniem była pokojowa rekatolizacja miejscowej ludności innowierczej.