Zaliczali się do niej najliczniejsi luteranie, ponadto mennonici (głównie na Żuławach), kalwiniści, a nawet nieliczni prawosławni, Żydzi czy muzułmanie.
Po I rozbiorze Polski, jesienią 1772 do Malborka wkroczyły wojska pruskie. Malbork w 1773 włączono do nowo utworzonej prowincji Prusy Zachodnie ze stolicą w Kwidzynie (a od 1793 w Gdańsku). Po 1919 Malbork wszedł w skład Rejencji zachodniopruskiej, a w latach 1939–1945 do Rejencji kwidzyńskiej Okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie.
13 września 1872 r. wmurowano kamień węgielny, a 3 października 1877 na podzamczu odsłonięto pomnik króla pruskiego Fryderyka II Wielkiego, będący dziełem Rudolfa Siemeringa z Berlina. Przedstawiał on stojącego na cokole i wspartego na laseczce króla, poniżej którego umieszczono figury wielkich mistrzów Hermana von Salza, Zygfryda von Feuchtwangen, Winrycha von Kniprode oraz Albrechta von Brandenburg-Ansbach. Po II wojnie światowej pomnik został zniszczony, a figury wielkich mistrzów przeniesione na zamek.W pozycji podaje się daty: wmurowania kamienia węgielnego (w obecności Wilhelma I i Fryderyka III) – 12 września 1872, odsłonięcia – 9 października 1877.. W l. 1875-1876 przy ob. ul. Jagiellońskiej powstało Królewskie Seminarium Nauczycielskie, a w 1910 kościół baptystów. W 1893 przy pl.