W tym samym roku dotarł także z ekipą prowadzoną przez Rubéna Omara Romano do finału najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF.

W lipcu 2006 Álvarez przeszedł do ówczesnego mistrza Meksyku – klubu CF Pachuca, gdzie z miejsca wywalczył sobie niepodważalną pozycję w wyjściowej jedenastce. Przez kolejne trzy lata wraz z między innymi Christianem Giménezem i Andrésem Chitivą był jedną z gwiazd linii pomocy drużyny prowadzonej przez Enrique Mezę – uznawanej za najlepszą w historii klubu – z którą osiągnął wiele sukcesów zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej. W 2006 roku triumfował z Pachucą w południowoamerykańskich rozgrywkach Copa Sudamericana i zajął drugie miejsce w krajowym superpucharze – Campeón de Campeones, natomiast w sezonie Clausura 2007 wywalczył swoje premierowe mistrzostwo Meksyku. W tym samym roku wygrał również rozgrywki Pucharu Mistrzów CONCACAF oraz SuperLigi, zajął drugie miejsce w superpucharze Ameryki Południowej – Recopa Sudamericana, a także wziął udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, zajmując w nich szóstą lokatę.