W większości kości zębowych – piętnaście, a u okazu AMNH 3104 tylko czternaście, jednak różnica ta nie jest istotna, gdyż u większości współczesnych gatunków krokodyli liczba zębodołów waha się o 1–2. Najbardziej charakterystyczną cechą Voay są jednak stosunkowo duże rogi, zbudowane z kości łuskowych. Podobne struktury pojawiają się w trakcie dorastania u większości gatunków z rodzaju Crocodylus, zwłaszcza krokodyla kubańskiego i krokodyla syjamskiego, występowały również u paleoceńskiego aligatora Ceratosuchus burdoshi. Zbudowane z kości łuskowych rogi podobne do tych występujących u Voay miał również Crocodylus anthropophagus, a odmienne – Aldabrachampsus.
Klasyfikacja Voay robustus został opisany w 1872 roku przez Grandidiera i Vaillanta pod nazwą binominalną Crocodylus robustus. Niektórzy autorzy uważali, że należy on do tego samego gatunku co krokodyl nilowy, który obecnie występuje również na Madagaskarze. Analizy kladystyczne dowodzą jednak, że jest bliżej spokrewniony ze współczesnym krokodylem krótkopyskim niż z rodzajem Crocodylus, dlatego w 2007 roku Christopher Brochu ustanowił dla niego nową nazwę rodzajową Voay, w języku malgaskim znaczącą „krokodyl”. Nazwa gatunkowa robustus odnosi się do masywnej budowy szkieletu.