konfederacji warszawskiej):
W 1606 roku podczas sejmu w ostatniej chwili, nocą, zdołał przekonać biskupów i króla by wycofali się ze wcześniejszej zgody na uchwalenie przepisów wykonawczych do Konfederacji Warszawskiej, które karałyby sprawców napadów na protestanckie zbory, szkoły i mieszkania. Incydent zwany "nocą jezuitów" doprowadził do rozejścia się sejmu bez uchwał i był jedną z przyczyn wybuchu Rokoszu Zebrzydowskiego.
Radykalizm religijny Skargi doprowadził do jego niepopularności wśród mas szlacheckich, w wolności wyznaniowej i prawomocności konfederacji warszawskiej upatrujących jeden z czynników konstytutywnych dla „złotej wolności szlacheckiej”. W czasie i po rokoszu pod adresem Skargi wydano wiele pism krytycznych wobec niego, również katolickich autorówS. Barczewski, Piotr Skarga w publicystyce Rokoszu Zebrzydowskiego, Acta Universitatis Lodziensis, 2013, s. 97-111.. Jak podaje Mariusz Markiewicz, był „oskarżany przez szlachtę, nie tylko protestancką, o prowadzenie polityki niezgodnej z interesami Rzeczypospolitej, podporządkowanej idei kontrreformacji”. Upatrując źródła wszystkich problemów Rzeczypospolitej w wolności sumienia, Skarga podważał bowiem utrwaloną w świadomości szlachty tradycję państwową opartą na współistnieniu wyznań.