Koncepcje polityczne i moralne Skargi opierały się na hierarchicznej wizji rzeczywistości. Trzema najważniejszymi elementami jego myśli politycznej były mądrość, prawo i wolność. Hierarchia mądrości obejmowała mądrość Bożą (wieczna i niestworzona), mądrość ziemska (dotycząca kwestii materialnych, rozum), mądrość bydlęcą (przynależącą także zwierzętom) oraz diabelska (objawiającą się np. porzuceniem starania o jedność wiary poddanych). Hierarchia prawa obejmowała prawo przyrodzone (nakaz Boga wpisane w ludzkie serce, wieczne i niezmienne), prawo Boskie pisane (zawarte w Piśmie świętym), prawo kościelne i prawo świeckie. Hierarchia wolności obejmowała wolność chrześcijańska (niezależność od diabła, wolność od grzechu), wolność dobra (podlegania chrześcijańskiej władzy aprobowanej przez obywateli), wolność złota (wolność od władzy tyrańskiej) i wolność piekielna (wolność oparta na bezprawiu i niepodleganiu żadnej władzy). Te rozróżnienia służyły Skardze do oceny polityki i ustroju Rzeczypospolitej.
Innowiercy Skarga był przedstawicielem kontrreformacji. Upatrywał w protestantyzmie źródło utraty jedności religijnej i zepsucia społeczeństw i ustrojów. Był zażartym krytykiem jej przedstawicieli, a także koncepcji pokojowego współistnienia różnych odłamów chrześcijaństwa (np.