Skargą zajął się wnet arcybiskup lwowski Paweł Tarło, skłonił go bez trudu do obleczenia sukni duchownej, wyświęcił na subdiakona (1563).
W roku 1564 we Lwowie przyjął święcenie kapłańskie i jako kanonik zaczął działalność kaznodziejską m.in. przy katedrze lwowskiejEncyklopedia wiedzy o jezuitach na ziemiach Polski i Litwy 1564–1995, wyd. WAM, Ignatianum, Kraków 2004..
Pobyt w Rzymie W roku 1568, po rozmowie z Szymonem Wysockim, zdecydował się na wstąpienie do zakonu jezuitów. 2 lutego 1569 w święto Matki Boskiej Gromnicznej, został przyjęty od generała zakonu Franciszka Borgiasza do nowicjatu jezuickiego św. Jędrzeja w Rzymie. Generał zakonu widząc cnoty i wiedzę ks. Piotra Skargi uwolnił go od wielu przygotowań i uznał za uzdolnionego do poświęcenia się studiom teologicznym.
9 czerwca 1570 r. spotkało ks. Skargę zaszczytne wyróżnienie – ojciec Święty Pius V zamianował go wielkim penitencjarzem u św. Piotra, z czym łączyła się władza odpuszczania najcięższych grzechów, takich, które może odpuszczać tylko sam papież.
Po dwóch latach pobytu ks. Skargi w Rzymie generał zakonu odesłał go do Polski, mając na uwadze, że taki kapłan będzie bardzo pożyteczny we własnej Ojczyźnie.