Po powrocie do Polski Po powrocie zajął się ks. Skarga zakładaniem w Polsce kolegiów jezuickich (był m.in. przewidziany na pierwszego rektora Kolegium w Poznaniu, którym ostatecznie został Jakub Wujek), a także działalnością filantropijną (założył w Krakowie Bank Pobożny dla ochrony ludzi przed lichwą i Arcybractwo Miłosierdzia).

W Krakowie założył lombard dla ubogich, pierwowzór instytucji charytatywnej, tzw. Komorę Potrzebnych (tj. „potrzebujących”).

Był wybitnym duszpasterzem. Zapisał się jako inicjator wielu kolegiów jezuickich, np. w Połocku (był tu pierwszym rektorem, 1582–1586), Rydze, Dorpacie, Lublinie.

Był pierwszym rektorem Akademii Wileńskiej (1579–1584). Od 1588 roku przez 24 lata pełnił funkcję nadwornego kaznodziei Zygmunta III Wazy, który cenił go za wyjątkową osobowość i talenty krasomówcze. Stał się zwolennikiem ograniczenia władzy Sejmu i zwiększenia władzy królewskiej. Piętnował wady polskiej szlachty. Był przeciwnikiem przyjęcia przez Zygmunta III korony szwedzkiej. Uczestniczył w synodzie brzeskim w 1596, podczas którego zawarto unię brzeską. Prawdopodobnie był autorem wygłoszonego wtedy przemówienia posłów królewskich.

Skarga został pochowany w kościele św. Piotra i Pawła w Krakowie.