II wojna światowa i aneksja Estonii przez ZSRR W czasie II wojny światowej część zakonnic opuściła klasztor, w 1943 zmarła ihumenia Joanna, którą zastąpiła na krótko ihumenia Aleksja (Gołubiewa). Jej następczynią została ihumenia Rafaela (Migaczowa), która sprawowała swoje obowiązki do 1955; następnie, do 1968, monasterem kierowała ihumenia Angelina (Afanasjewa). W wymienionym roku przełożoną monasteru została mniszka Barbara (Trofimowa), przybyła z monasteru św. Marii Magdaleny w Wilnie. Była ona przełożoną monasteru do swojej śmierci w 2011, jako ihumenia, zaś od listopada 2010 – jako schiihumeniaСкончалась настоятельница Пюхтицкого монастыря схиигумения Варвара (Трофимова). Jej następczynią została mniszka Filareta (Kałaczowa).mały|200px|Sobór monasterskiKlasztor pozostawał czynny w czasie przynależności Estonii do ZSRR, mimo szykan administracyjnych, a także planów jego zamknięcia (ostatecznie niezrealizowanych). Pozostawał również ważnym ośrodkiem pielgrzymkowym, którą to rolę odgrywa do dziś (2014).