Fabuła mały|Apollo Justice, główny bohater, i detektyw Ema Skye (cosplaye z 2014). Akcja gry rozgrywa się 7 lat po wydarzeniach przedstawionych w Phoenix Wright: Ace Attorney - Trials and Tribulations. Apollo Justice, tak jak poprzednie gry jest podzielony na kilka rozdziałów. W pierwszym rozdziale Apollo, świeżo upieczony adwokat musi obronić byłego protagonistę poprzednich odsłon Phoenixa Wrighta (obecnie jest pianistą), który zostaje oskarżony o morderstwo podczas partii pokera. Apollo pracuje w kancelarii Kristopha Gavina, przyjaciela Phoenixa. Apollo, nie wiedząc o tym, że używa sfałszowanego dowodu udowadnia, że Phoenix jest niewinny, a prawdziwym sprawcą jest Kristoph.
W drugim rozdziale Apollo zatrudnia się w agencji Phoenixa, wcześniej będącą kancelarią prawniczą zanim ten stracił posadę adwokata. Otrzymuje wkrótce trzy zlecenia, które jak się później okaże, będą powiązane. Pierwszym z nich jest obronienie Wocky'ego Kitaki, syna głowy rodziny lokalnego gangu Kitaki. Prawdziwym sprawcą okazuje się jego narzeczona, Alita Tiala.