Klęskę na wieki utrwaliło mocno przesadzone powiedzenie: Za króla Olbrachta wyginęła szlachta.
Jeszcze gorsze od wojennej klęski były skutki nieudanej wyprawy czarnomorskiej. Jan Olbracht rozpoczął konfiskatę dóbr szlachciców, którzy nie wzięli udziału w wyprawie. W 1498 roku Turcy i Tatarzy najeżdżali południowo-wschodnie terytoria Litwy, niekiedy dochodząc aż do terenów Rusi Halickiej i Wołynia. 13 lipca 1498 i 15 kwietnia 1499 odnowiono przymierze polsko-węgierskie, kosztem utraty lenna mołdawskiego na rzecz Węgier. 20 listopada 1498 roku Olbracht zrzekł się terenów księstwa głogowskiego na rzecz Władysława II, jednak już 29 listopada 1499 księstwo zostało przekazane Zygmuntowi Staremu. W 1501 roku wybuchła wojna litewsko-moskiewska, w ramach której Olbracht wysłał piechotę zaciężną jako pomoc dla Aleksandra.mały|Pieczęcie Jana I Olbrachta
Konflikt z Prusami Zakonnymi Po śmierci Jana von Tiefena w wyprawie czarnomorskiej, wielkim mistrzem zakony krzyżackiego został Fryderyk Saski, który uchylał się od złożenia przysięgi na II pokój toruński. Następnie uzyskał poparcie od cesarza rzymskiego, Maksymiliana I. Zakon wysunął roszczenia do terenów zagarniętych w ramach pokoju toruńskiego z 1466 roku. Wówczas, latem 1501 roku, Olbracht zarządził koncentrację wojsk koronnych w Toruniu, jednak wyprawa wojenna na Prusy Zakonne nie doszła do skutku z powodu śmierci władcy.
Życie prywatne