Później został (jako jeden z najlepszych dowódców) skierowany w region Południowego Pacyfiku, gdzie – na terenie Australii – zaczął organizować swe siły.
II wojna światowa thumb|left|250px|George Kenney (P) podczas spotkania z wicemarszałkiem George’em Jonesem z RAAF (1944) W sierpniu 1942, już jako generał-major, Kenney objął dowodzenie nad wszystkimi siłami lotniczymi aliantów na obszarze południowo-zachodniego Pacyfiku, w tym nad nowo utworzoną V Flotą Powietrzną USAAF, przy czym podlegał bezpośrednio naczelnemu dowódcy wszystkich sił zbrojnych w regionie, generałowi Douglasowi MacArthurowi. Początkowo w oparciu o swoją kwaterę główną w Brisbane, Australia, później zaś z kwater polowych na Nowej Gwinei i Filipinach, Kenney dowodził połączonymi siłami USAAF, RAAF, RAF, jak również dywizjonami holenderskimi. Przez trzy lata prowadził działania powietrzne przeciwko Japończykom na i wokół Nowej Gwinei, Borneo i Filipin. W październiku 1942 roku został awansowany na stopień generała broni.
Jedną z najowocniejszych operacji Kenneya była bitwa na Morzu Bismarcka w marcu 1943 roku, kiedy to zagładzie uległa japońska flotylla zaopatrzeniowa.