Pedro Pizarro walczył 26 kwietnia 1538 roku pod Las Salinas przeciw Diego de Almagro, rywalowi i byłemu wspólnikowi Francisco. Był jednym z założycieli miasta Arequipa (15 sierpnia 1540). W 1541 roku Francisco Pizarro został zamordowany, Pedro walczył wówczas przeciw zabójcom, m.in. pod Chupas 16 września 1542 roku pod dowództwem Cristóbala Vaca de CastroMeans, Introduction, s. 80.. Gdy Gonzalo Pizarro zbuntował się przeciw hiszpańskiej koronie, Pedro odmówił krewnemu udziału w rebelii. Równocześnie jednak list do Gonzalo z 18 grudnia 1546 roku podważa jego lojalność wobec króla i pokazuje pewne wahania, prawdopodobnie o podłożu materialnym. List ten został przechwycony przez Pedro de la Gasca, którego hiszpańskie władze przysłały do Peru w celu stłumienia powstania. La Gasca użył go jako pretekstu, by odmówić Pedro nagrody za udział w bitwie pod Xaquixaguana, gdzie Gonzalo został 9 kwietnia 1548 roku pokonanyMeans, Introduction, s. 80–81..

28 listopada 1538 Pedro otrzymał od Francisco Pizarro ziemię i robotników w Arequipa, Tacna i innych regionach;